距离木叶的沦陷，砂隐村的毁灭已经过去一年多，剩下的隐村在自来也的努力下，终于联盟在一起，雾隐村，岩隐村，云隐村的首脑聚集在一处隐蔽的基地商讨着。
当然这个过程是艰辛的，从一开始的不相信，怀疑猜忌，到之后的被迫结盟合作，过程堪称波折，死伤无算，三大隐村的忍者死伤过半，而木叶村残留下来的逃亡者，也是接连死在这个过程中。
木叶的十二小强只剩下春野樱和小李，剩余的都已经变成坟冢的残骸，漩涡鸣人则被晓组织擒获，一直没有消息。
而借着收留木叶“叛忍”的借口，木叶村也悍然向三大隐村发起攻击，挑起了忍界的战争。
也是在这次的战争中，使徒彻底浮出水面，让三大隐村终于彻底相信自来也口中的荒诞故事。
一间冰冷的实验台上。
几个戴着木叶护额眼底流转着黑光的忍者被固定在上面，手术刀精准的插裂开胸膛，露出里面被黑线缠绕住的诡异心脏。
扑通！