明洪武元年、元至正二十八年、公元1368年八月，明朝开国名将徐达、常遇春统帅的25万明军精锐进抵元大都城下。
元顺帝见明军势大、自知不敌，遂出逃上都。
后来又北逃至和林，统治中原89年的元帝国终结。
然而退据草原的元顺帝，依旧保留了元朝的国号与制度，并控制在东起鸭绿江、西到哈密的辽阔疆域。
后世称之为北元，此后与大明帝国进入了长期的拉锯战中。
1388年三月，明军名将蓝玉率15万大军深入漠北。
在捕鱼儿海（今贝尔湖）聚歼北元主力7万余人，一战打断北元脊梁骨。
此后阿里不哥后裔也速迭儿在瓦剌首领乌格齐哈什哈的帮助下发动政变，诛杀北元皇帝脱古思帖木儿。
自立为卓里克图汗，北元从此分裂为瓦剌、鞑靼、兀良哈三部。
他们彼此攻伐，互相混战。
洪武二十四年（1391年），也速迭儿病逝。
其子恩克即位，恩克在位三年又去世，瓦剌蒙古与东蒙古正统派，拥立脱古思帖木儿次子额勒伯克为大汗。
号尼古哷苏克齐汗，北元汗位再次回归到忽必烈一系。
然而此时的北元大汗已经是名存实亡的傀儡，大权皆出自底下权臣之手。
1402年，朱棣称帝，是为明成祖。
朱棣在位22年，连续发动5次对草原的大规模军事打击运动，是为五征漠北。
北元在明军的持续打击下，伤亡惨重，这才有了后来的仁宣之治的辉煌。