在仙侠视角，这次入侵是因为大梁风雨飘摇、民不聊生，所以邻国的精锐士兵来尝试吞并大梁；而在科幻视角，这次入侵是周围的人类国家害怕这次智械危机影响到他们境内的机械，所以借着“镇压机械叛乱”的名义想要接管这个区域。
如果玩家选择打退这次入侵，那么游戏就会进入第三阶段，玩家要前往『上界』。
在仙侠世界中，上界表现为『仙人的居所』，而在科幻世界中，上界则是更高科技文明所创造的机械迷城。
不管是黑太岁还是影响到所有机械的特殊ai病毒，都是来自于上界。
完成第三阶段的战斗之后，玩家就可以根据手中的道具和之前的选择，迎来游戏最终的结局。
游戏一共有五个结局，仙侠视角和科幻视角的结局是完全对应的。
第一个结局是『无情清理』，如果玩家选择在邻国入侵时站在邻国一方，灭掉大梁，那么就会达成这一结局。
在清理结局中，邻国灭掉大梁并焚烧了所有的黑太岁和血肉怪物，主角虽然在这个过程中发挥了重要作用，但最后也被清理掉。
在仙侠世界中，这算是个一般结局，虽说世界恢复了正常，但主角死了，而且战争仍在持续爆发，仍旧是民不聊生。
在科幻世界中，这则是个比较糟糕的坏结局，因为玩家站在人类一方消灭了所有的智慧机械，让所有的机械重新回到了没有智能、被奴役和压榨的原点，而主角自己这个半机械人也被彻底销毁。
第二个结局是『归于自然』，玩家帮助大梁抵抗入侵，并前往仙界获得血肉怪物的解药之后，即可选择使用解药将所有血肉怪物全都清理掉，同时治愈自己。
在仙侠世界中，这算是个好结局，因为世界重新恢复了和平，而邻国虽然还会与大梁爆发战争，但有主角和梁国士兵的存在，梁国还是能继续存在下去的。