景阳十三年春，帝下诏废五军都督府，将其责分划总参谋部和兵部共理。同时一次性裁撤了一百三十三个卫所，总计三十二万多军籍。
按理说一百多个卫所，军籍总数应该在七十多万。可经过清点，这批被裁撤的卫所实际军籍只剩下一半不到了，但每年却依旧耗费着齐装满员的军费。
其中的差额到哪里去了，五军都督府的将领们心里清楚、兵部官员们心里也清楚、内阁大学士们清楚、司礼监同样清楚，而做为大明的最高领导者，皇帝更清楚。
但追缴、处罚、抄家之类的举动一样都没有，甚至没人因此被锦衣卫叫去盘问。皇帝唯一的表态就是把曾在五军都督府任职的将领勋贵召集到养心殿，不咸不淡的褒奖了一番，再诉了诉衷肠，把海军陆军建设的难处摆了摆。
然后从第二天开始就有将领勋贵们陆续上疏，不是说自己年岁大了就是说身体什么地方有疾，请求辞掉职务。沥沥拉拉到了初夏，差不多有九成曾在五军都督府任职的将领勋贵都辞官回家养老了。
剩下的七八位不是眷恋高位不想走，而是暂时走不了，全被皇帝指使到总参谋部和兵部去配合剩余卫所军籍清点工作，还给起了个挺好听的说辞，叫发挥余热。
同时被废的还有一个曾经风光无限、油水充足的部门，漕运总督衙门和漕运总兵衙门，所属的十多万漕军也跟着一起失了业。