后世里最有名的东印度公司有两家，英国（大不列颠）东印度公司与荷兰（联合）东印度公司。两家成立的年代前后脚，英国东印度公司稍早，成立于1600年。荷兰东印度公司稍晚，成立于1602年。
目的也差不多，最初都是为了开辟海上贸易航线，占据更多的香料产地，获得更多利润。但在组织结构和运作方面，虽然都有各自国家政府的授权与参股，却有着明显的差异。
英国东印度公司更像是后世的上市公司，股东每投入500英镑就获得一票投票权。每年4月公司召开股东大会，投票选举24名董事组成董事会，由董事会选出总裁和副总裁。
荷兰东印度公司则是个纯粹的非上市私营公司，不发行股票也没有固定的总部。它由阿姆斯特丹、泽兰、霍伦、恩克赫伊曾、代尔夫特和鹿特丹六座城市里的商会联合组成，各地商会自行选派董事管理公司，共计60名。
这些董事是终身制的，阿姆斯特丹20个名额、泽兰12个、其它四座城市各7个。在日常经营活动中，再从这60名董事中选择17名组成董事会进行具体决策，称为17人会议，董事会每年不定期召开。
而六座城市的商会就是公司的六个分部，由各自分部的董事负责，只有设在海牙的通信事务局是由17人会议直接领导的。
在1610年，荷兰东印度公司又增加了印度事务局和委员会，总部设立在雅加达，后来改名为巴达维亚。印度事务局与之前的六个分部是平级，直接听命于17人会议。