围攻悬嶴岛的是清军驻防杭州的八旗参领额尔都。
这次军事行动乃是突袭，杭州将军图尔白绅、浙江巡抚赵廷臣、水师提督哈尔库、总兵张杰等清军高层事先并不知情。
全系额尔都擅做主张。
得知张煌言部下副将陈栋投降后，身在一线的额尔都立即提审陈栋，从其口中获知张煌言就藏匿于悬嶴岛。
按理如此重大情报应立即派人乘快船回定海上报，尔后组织水陆官兵共同会剿，确保不使海贼及大逆张煌言逃脱。
然担心张煌言会提前转移的额尔都在未通知巡抚、提督情况下，便领旗兵200余并归其指挥的1200名绿营兵前往悬嶴岛搜剿。
此固然是额尔都抢功心切，但也的确打了明军一个措手不及。
由于叛将陈栋的带路，清军不费吹灰之力便摸到了悬嶴岛附近。
在用千里镜探得岛上确有明军营帐，朝廷深为忌惮的大逆张寇就在其中后，心下大喜的额尔都即下令炮击。
随后亲率旗汉清兵七百余人登岛，誓要生擒大逆张寇。
岛上明军新遭惨败正士气低迷，对于清军的突袭毫无准备，突然而至的清军迅速占了上风，将明军几乎打懵。
王五一行靠岸时，岛上半数区域已被清军攻占，残余明军正在利用地形拼死抵抗。
总兵郭法广、参将魏大龙等将领原是要护卫张煌言撤至岛西搭船撤离，但清军追击太甚，无奈只得折向岛南。
岛上明军此时也是各自为战，有的利用地形成功阻击清军，有的则被清军打散。
因担心张煌言会乘海船逃跑，额亦都登岛后特意命一队营兵沿海滩围岛搜寻，一经发现船只立即放火焚毁。